W 1926 roku rozpoczął się proces Salomona Szwarcbarda - zabójcy Semena Petlury.

Szwarcbard był rosyjskim anarchistą pochodzenia żydowskiego i znajomym Nestora Machno. Przed sądem zeznawał, iż zamordował Petlurę z zemsty gdyż za rządów Petlury zamordowana została jego rodzina. Istnieją jednak podejrzenia, że zamach inspirowany był przez OGPU.

Zamachowiec w swoim procesie oskarżał zarówno Petlurę jak i Machno o masowe rzezie i pogromy Żydów na Ukrainie. Machno był całą sprawą oburzony i napisał list protestacyjny, który miał być podczas jednej z rozpraw odczytany. Nie został jednak wzięty pod uwagę.

Proces Szwarcbarda wpływał negatywnie na wizerunek Machno. Kwestia pogromów była poruszana w wielu kręgach lewicowych, żydowskich i anarchistycznych. Wśród oskarżycieli znajdowali się Marien Choisie, Bernard Lecache (założyciel Międzynarodowej Ligi Przeciw Antysemityzmowi) i były oficer Wojska Polskiego, Solar.

W obronie Machno najaktywniej stawał jego towarzysz, Wsiewołod Eichenbaum ps. Wolin. Najbardziej znanym oskarżycielem Machno o antysemityzm i sadyzm (znęcanie się nad grupą liliputów) został Joseph Kessel - dziennikarz, autor książki "Machno i jego Żydówka".

Sam zainteresowany oskarżał Kessela o opieranie swoich teorii o relacje bolszewików. W Związku Radzieckim wydany został nawet manipulacyjny album dokumentujący zbrodnie na Żydach, który zawierał fotografie machnowców oraz zdemolowanego miasta Aleksandrowsk w którym to pogromu na ludności żydowskiej mieli dokonać machnowcy.

Pisał o tym nawet Janowski na łamach amerykańskiej Freie Arbeite Stimme. Taka sytuacja bardzo przejmowała Machno, dlatego starał się jak tylko mógł dementować te pogłoski. Pisał artykuły i wpraszał się na spotkania dyskusyjne w klubach literackich.

O morderstwa i pogromy Żydów oskarżają go jednak także zawodowi historycy. Przykładem może być twórczość stalinowskiego historyka, Jerzego Ochmańskiego. W swojej biografii Feliksa Dzierżyńskiego oskarża atamanów kozackich w tym Machno o pogromy. To samo robi sowietolog polskiego pochodzenia, a przy tym były doradca Ronalda Reagana, Richard Pipes w „Rosji Bolszewików”.

Pisze, że 17% pogromów było dziełem „niezależnych” atamanów kozackich wśród których obok siebie wymienia Zełenyja, Machno i... Nikifora Grigoriewa.

W kwestii tego ostatniego, to właśnie w jego sprawie 5 sierpnia 1919 w Izwiestii ogłoszone zostało wykonanie wyroku śmierci, w którym antysemityzm i mordowanie Żydów obok spiskowania z Denikinem były głównymi zarzutami. Dwa miesiące później Prawda opublikowała apel Machno przeciwko pogromom.

Trudno stwierdzić, czy ten i wiele innych apeli Machno przeciwko pogromom były skierowane wyłącznie na zewnątrz czy także do środka, gdyż problem antysemityzmu istniał również wewnątrz ruchu machnowskiego.

Należy jednak zaznaczyć, że na 210 pogromów jakie miały miejsce na Ukrainie tylko jeden miał miejsce na terenach w których siły Machno przeważały nad siłami nacjonalistów. Żadna gazeta żydowska w 1919 roku nie oskarżała Machno i jego ruchu o mordowanie Żydów.

Na zakończenie można zacytować historyka, Eliasza Czerikowera, historyka żydowskiego z Nowego Jorku o którego opinię zabiegał Eichenbaum:

„Nie da się zaprzeczyć, że ze wszystkich armii w wojnie domowej oraz Armii Czerwonej, machnowcy zachowywali się najlepiej wobec ludności cywilnej, a ludności żydowskiej w szczególności. Mamy liczne świadectwa tego. Odsetek uzasadnionych skarg na Armię Machno w porównaniu z innymi jest znikomy.

Nie mówimy tu o pogromach rzekomo zorganizowanych przez samego Machno. To jest oszczerstwo lub błąd. Nic takiego nie miało miejsca. Na armię Machno miałem wskazówki i doniesienia i aż do chwili obecnej starałem się sprawdzać fakty, byłem zobowiązany oświadczyć, że na dany dzień żadna jednostka machnowszczyzny nie mogła być na miejscu gdyż cała armia była daleko. Po zbadaniu dowodów ściśle zakładałem ten fakt za każdym razem gdy miał miejsce jakiś pogrom żaden oddział Machno nie przebywał w sąsiedztwie. Tak więc pogromy nie mogły być dziełem machnowców.”

Dlaczego współcześni historycy nadal oskarżają Machno o antysemityzm i pogromy? Trudno powiedzieć. Możliwe, że nie weryfikują pozostałości po oskarżeniach z lat 20-tych jakie były popularne w różnych kręgach dążących do dyskredytacji przywódcy najsilniejszego ruchu anarchistycznego w Europie. Z drugiej strony mogą robić to celowo, z takich samych powodów z jakich robiono to w przeszłości.

Należy zaznaczyć, że oskarżenia o antysemityzm zawsze były niekonkretne, ogólne i niejasne, a ani Ochmański ani Pipes nie odwołują się do żadnych źródeł.

Należy jednak zwrócić uwagę na fakt, że ani Pipes ani Ochmański ani żaden inny historyk powielający mit antysemityzmu Machno nigdy nie podejmował się weryfikowania tego typu kwestii tak jak zrobił to Czerikower, który zajmował się kwestią pogromów Żydów na Ukrainie.

Zajmowałem się wielokrotnie tym problemem. Oto moje wnioski, ze zwykłym zastrzeżeniem na wypadek, gdyby dokładniejsze świadectwa doszły do mnie w przyszłości. Armia jest zawsze armią, a armie nieuchronnie popełniają naganne czyny, ponieważ jest fizycznie niemożliwe kontrolować i nadzorować wszystkie jednostki, składające się na te masy ludzi, oderwanych od zdrowego i normalnego życia, rzuconych w egzystencję i otoczenie, które wyzwala ich złe skłonności, pozwalając im na używanie przemocy, często bezkarnie. Wie pan to zapewne równie dobrze jak ja. Armia machowska nie była wyjątkiem od tej reguły. Również popełniała jakieś naganne czyny. Ale cieszę się z tego, że mogę powiedzieć z całkowitą pewnością, że generalnie zachowania machnowskiej armii nie można porównywać do zachowania innych armii, operujących w Rosji w czasie wydarzeń z lat 1917-1921. Dwa fakty mogę poświadczyć z całkowitą pewnością.

  1. Nie da się zaprzeczyć, że ze wszystkich tych armii, łącznie z Armią Czerwoną, machnowcy zachowywali się najlepiej w stosunku do ludności cywilnej w ogóle, a szczególnie wobec ludności żydowskiej. Mam liczne tego świadectwa. Liczba uzasadnionych skarg na machnowców, w porównaniu do innych, jest znikoma.

  2. Nie można mówić o pogromach, jakie rzekomo miał organizować sam Machno. To oszczerstwo lub nieporozumienie. Nic takiego nie miało miejsca. Jeśli chodzi o armię machnowską, to donoszono mi, dokładnie lub niedokładnie, w tej sprawie. Jednak za każdym razem, kiedy próbowałem uzgodnić to z faktami, okazywało się, że musiałem ogłosić, że w rozważanym dniu żadna machnowska jednostka nie mogła przebywać we wskazanym miejscu, a cała armia była daleko. Po dokładnym zbadaniu dowodów, za każdym razem okazywało się, że z całkowitą pewnością można powiedzieć, ze żadna machnowska jednostka nie operowała w miejscu i czasie pogromu, ani też żadnej nie było w pobliżu. Ani razu nie można było udowodnić obecności machnowskiej jednostki w miejscu, gdzie miał miejsce pogrom. A zatem rozważane pogromy nie mogły być dziełem machnowców.