Pod koniec XIX wieku zorganizowany ruch wolnościowy w Hiszpanii dosłownie przestał istnieć. Policyjne represje antyterrorystyczne w połączeniu z represyjnymi prawami doprowadziły w 1896 do rozwiązania Paktu Jedności i Solidarności. Anarchistyczna Organizacja Regionu Hiszpańskiego była w rozsypce. Robotnicy zaczęli opuszczać organizacje wolnościowe z taką samą gotowością, z jaką przyłączali się do nich kilka lat wcześniej. W Kordobie, na przykład, po obiecującym odrodzeniu w latach osiemdziesiątych XIX wieku, do uczestnictwa w obchodach Pierwszego Maja 1893 można było przekonać tylko kilku akolitów. W kolejnych latach całkowicie porzucono wiece. Nie pomogła zmiana poglądów przez wiodących anarchistów i ich nauczanie przeciwko terroryzmowi. Już w 1891 Kropotkin ostrzegał, że chociaż „rozwój rewolucyjnego ducha zyskuje ogromnie na heroicznych działaniach jednostek, to jednak rewolucje nie opierają się na takich działaniach”. Do 1900 wszyscy, poza garstką wyróżniających się anarchistów, ciągle popierających „propagandę czynem”, wszyscy porzucili metody terrorystyczne jako strategiczną formę działania.

Jednakże „Idea” była w Hiszpanii daleka od zagłady, a terroryzm anarchistyczny nigdy całkiem nie zniknął. Idee wolnościowe zaczęły teraz zakorzeniać się wśród intelektualistów. To w tamtym okresie wiodący hiszpańscy pisarze i malarze, jak nowelista Pio Baroja i młody artysta, Pablo Picasso, zaczęli flirtować z „Ideą”. Inni, jak na przykład astronom Tarrida del Marmol i inżynier Ricardo Mella, zaangażowali się aktywnie w sam ruch. La Revista Social, wyśmienite czasopismo teoretyczne, stworzone w 1896, stało się forum dla szerokiego wachlarza intelektualistów z uniwersytetów oraz areny sztuki i nauki. Rozczarowani klęską taktyk terrorystycznych, wielu anarchistów zaczęło kłaść najsilniejszy nacisk na ważność edukacji w osiąganiu ich celów społecznych. Te czasy były okresem rozkwitu szkół wolnościowych i projektów pedagogicznych na wszystkich terenach kraju, gdzie anarchiści posiadali jakieś wpływy. Prawdopodobnie najbardziej znaną próbą na tym polu była Szkoła Nowoczesna (Escuela Moderna) Francisca Ferrera, projekt, który miał duży wpływ na katalońską edukację i generalnie na eksperymentalne techniki nauczania. Prześladowania z jakimi w późniejszych latach zetknął się Ferrer, uświadamiają nam na jak wielkie problemy i przeszkody natykała się w prawie każda próba zreformowania społeczeństwa hiszpańskiego. Aby głosić koncepcję Szkoły Nowoczesnej, Ferrer musiał być kimś więcej niż wychowawcą, a jego osobiste przeznaczenie stało się politycznym wydarzeniem o wielkiej ważności we wczesnych latach XX wieku.

Wydaje się, iż w pochodzeniu Francisca Ferrera y Guardia nie ma niczego, co uczyniłoby z niego reformatora edukacji i obrazoburcę. Urodził się 10 stycznia 1859 roku w Alella, dwanaście mil od Barcelony. Jego rodzice byli zadedykowanymi katolikami, którzy wychowali syna w tradycyjny sposób zamożnych rolników (jego ojciec posiadał małą winnicę), i nie ma żadnego dowodu na buntowniczość chłopca do czasu, kiedy został wysłany do pracy w Barcelonie, w wieku piętnastu lat. Pracodawca, bojowniczy antyklerykał, miał zdaje się wielki wpływ na młodego pracownika. W każdym bądź razie, kiedy Ferrer miał dwadzieścia lat, uważał się już za Republikanina, antyklerykała i przyłączył się do wolnomularzy – tradycyjna przystań liberalnej myśli i konspiracji politycznej w Hiszpanii.

Młody Katalończyk przyciągnął uwagę Manuela Ruiza Zorrilli, radykalnego republikanina, który po pełnieniu funkcji premiera pod rządami Amadeo, cieszył się w Paryżu konspiracyjnym życiem wygnańca. Pracując na kolei, Ferrer jeździł pociągami pomiędzy granicą francuską a Barceloną, zaangażowany w niebezpieczne zadanie przemycania politycznych uchodźców do Francji. Działał również jako kurier w próbach Zorilli przeciągnięcia oficerów armii na rzecz republikańskiego zamachu stanu. Kiedy we wrześniu 1886 generał Villacampa ogłosił powstanie Republiki, Ferrer brał udział w przerwanym powstaniu w Katalonii. Była to ostatnia powstańcza próba uczynienia z Hiszpanii republiki na następne półwieku. Klęska powstania zmusiła Ferrera do wyjazdu do Francji, gdzie został sekretarzem Ruiza Zorrilli.

To właśnie w stolicy Francji Ferrer zaczął porzucać polityczne działania dla ustanowienia Republiki na rzecz edukacji. Była to główna zmiana stanowiąca początek jego rozwoju w kierunku anarchizmu, chociaż był ostrożny, aby nigdy nie opisywać siebie jako kogoś więcej niż „filozoficznego anarchistę”. Miał na niego wielki wpływ Anselmo Lorenzo, którego spotkał w Paryżu. W każdym bądź razie jego nowe zainteresowania nie mogły być lepiej nakierowane. Prawie każda próba otwarcia w Hiszpanii większej ilości szkół trafiała jak deszcz na nieurodzajną ziemię. Na przełomie stuleci prawie siedemdziesiąt procent hiszpańskiej populacji było analfabetami. Nauczycielom płacono bardzo mało, a szkoły wiejskie (jeżeli w ogóle jakieś istniały) były często obskurną budą, w której bose, źle odżywione dzieci dostawały jedynie najbardziej podstawowe nauki.

Projekt, który Ferrer miał wkrótce ustanowić jako Szkoła Nowoczesna, miał wiele elementów, które w dzisiejszych czasach wydawałyby się prawie konwencjonalne, jednakże wyróżniał się wieloma cechami, które nawet teraz nie wyszły poza fazę eksperymentalną. Aby zrozumieć postępowość Szkoły Współczesnej należy zestawić ją z całością edukacyjnego systemu ówczesnej Hiszpanii.

Chociaż Hiszpania miała powszechne prawo edukacyjne, większość szkół prowadzili duchowni, którzy używali brutalnych metod nauczania i kładli nacisk na pamięciowe uczenie się katolickich dogmatów. Duchowni ci otwarcie atakowali każdą grupę polityczną, teorię naukową i tendencję kulturalną, wywołującą niezadowolenie Kościoła. Koedukacja, tolerowana na wsiach jedynie z braku przestrzeni w szkołach, w miastach była rygorystycznie zakazana.

Tej ponurej instytucji Ferrer przeciwstawił program i metodę nauczania, którą duchowni mogli uznać jedynie za „diaboliczną”. Planował ustanowić program nauczania oparty na naukach przyrodniczych i moralnym racjonalizmie, wolny od religijnych dogmatów i politycznej stronniczości. Chociaż uczniowie mieli otrzymywać systematyczną edukację, nie byłoby nagród za uczoność, ocen, egzaminów, atmosfery współzawodnictwa, przymusu i upokorzenia. Klasy, słowami Ferrera, miały być oparte „na zasadzie solidarności i równości”. Podczas gdy „krnąbrni” uczniowie w szkołach religijnych musieli uklęknąć, a następnie byli bici, nauczyciele w Escuela Moderna zostali ostrzeżeni, że muszą „powstrzymać się od moralnego i fizycznego karania, pod groźbą natychmiastowego zwolnienia”. Program nauczania miał całkowicie zależeć od spontanicznego pragnienia zdobycia wiedzy przez ucznia, któremu pozwolono by uczyć się we własnym tempie. Celem szkoły było wzbudzenie w uczniach „surowej wrogości wobec uprzedzeń” i stworzenie „solidnych umysłów, zdolnych do formowania własnych racjonalnych przekonań na każdy temat”.

Jednakże dla Ferrera „edukacja człowieka nie zamykała się jedynie w ćwiczeniu jego inteligencji, bez zajmowania się jego sercem i wolą. Człowiek jest kompletną i zjednoczoną całością, pomimo różnorodności jego funkcji. Prezentuje różne aspekty, ale u podstaw leży pojedynczą energią, która widzi, kocha i używa swej woli w spełnianiu celów, do których sam doszedł”. Ferrer podkreślał, iż jednym z najważniejszych zadań Szkoły Nowoczesnej jest utrzymanie jedności osobowości, zadbanie, aby w jednostce nie było „dualizmu charakterów – z których jeden widzi i docenia prawdę i dobroć, a drugi czyni zło”. Sama szkoła musi być mikrokosmosem prawdziwego świata, ucieleśniając wiele różnych stron ludzkich osobowości. Stąd Ferrer podkreślał nie tylko ważność koedukacji płci, ale również różnorodność uczniów z różnych klas społecznych. Według niego należało zebrać wspólnie dzieci robotników i klas średnich, aby stworzyć młodym środowisko będące w pełni wyzwalające, „szkołę wyzwolenia, która usunie z umysłu wszystko to, co dzieli ludzi, fałszywe idee własności, państwa i rodziny’. Wiele z tych idei to czysty anarchizm i wskazuje na wpływ Lorenzo i Kropotkina na umysł Ferrera.

Dopiero we wrześniu 1901 udało się Ferrerowi założyć pierwszą Szkołę Nowoczesną w Barcelonie. Podczas długiego pobytu w Paryżu był nauczycielem. Zaprzyjaźnił się tam z pewną panią w podeszłym wieku, która brała lekcje hiszpańskiego – Mlle. Ernestine Meunier, która po swojej śmierci zostawiła mu spory spadek. Z tymi zasobami została założona pierwsza Escuela Moderna, rozpoczynając z klasą dwunastu dziewczynek i osiemnastu chłopców. W ciągu dziesięciu miesięcy ilość uczniów podwoiła się, a w przeciągu kilku lat w Hiszpanii (głównie w Katalonii) ustanowionych zostało pięćdziesiąt szkół opartych na zasadach Szkoły Nowoczesnej. Ferrer, który zainwestował pieniądze Mlle. Meunier w dobrze płatnych ubezpieczeniach, zebrał wystarczające fundusze, aby założyć wydawnictwo, drukujące małe, niedrogie, łatwo zrozumiałe książki dotyczące różnorodnych naukowych i kulturalnych tematów. Rozchodziły się szeroko wśród chłopów, braceros i robotników, często rozprowadzane przez wędrownych anarchistów. To dzięki tym małym książeczkom biedniejsze klasy Hiszpanii mogły po raz pierwszy zetknąć się z dziwnym, prawie całkiem nieznanym światem nauki i kultury, który leżał poza Pirenejami. Chociaż ostrożniej niż w Paryżu, Ferrer utrzymał kontakt z anarchistami, zatrudniając wielu z nich. Dał również pracę tłumacza swojemu przyjacielowi, postarzałemu Anselmo Lorenzo.

Rozwój Szkoły Współczesnej i szeroka dystrybucja jej książek rozwścieczyła kler. Jednakże przez lata nie mogli zrobić nic oprócz potępiania szkoły i oczerniania Ferrea. Sposobność powstrzymania pracy Ferrera pojawiła się w 1906, kiedy Mateo Morral, pracownik Ferrera, rzucił bombą w parę królewską Hiszpanii. Zamach się nie udał, a Morral popełnił samobójstwo. Odpowiedzialnością obarczono Ferrera i Szkołę Nowoczesną, chociaż młody zabójca otwarcie potępił Ferrera i Anselma Lorenzo za ich sprzeciw wobec terrorystycznych strategii. Stan systemu sprawiedliwości w Hiszpanii w tamtym okresie był taki, że Ferrera zatrzymano w więzieniu na cały rok, kiedy policja ogłosiła, że zbiera dowody na jego udział w zamachu Morrala. Sąd go uniewinnił, wyszedł na wolność, ale nigdy nie otworzył już na nowo pierwszej Szkoły Nowoczesnej w Barcelonie.